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如何交互式地运行lammps¶

为了更加方便地在jupyter中运行lammps, 我们对lammps的python api做了绑定和注册. 现在, 你可以直接在notebook中完成lammps的脚本的编写和一键运行.

首先, 需要编译lammps的python版本, 具体可见: 编译与安装 其次, pip install -e . 安装本项目的python包 最后, 在notebook中运行如下代码, 即可完成lammps的交互式运行

In [7]:

# 加载模块
%load_ext lammpscn.lammps

# 加载模块 %load_ext lammpscn.lammps

LAMMPS (3 Aug 2023 - Development - patch_2Aug2023-747-ge655cda066)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task

In [25]:

# 如果修改了代码，需要重新加载模块
%reload_ext lammpscn.lammps

# 如果修改了代码，需要重新加载模块 %reload_ext lammpscn.lammps

LAMMPS (3 Aug 2023 - Development - patch_2Aug2023-747-ge655cda066)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task

In [9]:

# 执行单行命令, 单个%开头且不换行
%cmd variable a equal 1

# 执行单行命令, 单个%开头且不换行 %cmd variable a equal 1

Out[9]:

'variable a equal 1'

执行多行命令, 以%%开头且换行

In [13]:

%%cmd
variable a equal 1
variable b equal 2

%%cmd variable a equal 1 variable b equal 2

Out[13]:

'variable a equal 1\nvariable b equal 2\n'

针对内置的命令进行了封装

In [26]:

%reset_box 0 0 0 10 10 10 0 0 0

%reset_box 0 0 0 10 10 10 0 0 0

WARNING: Ignoring call to lammps_reset_box without a box (src/library.cpp:1012)

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最后更新: November 10, 2023

Authors: Roy Kid